贲门癌病因与其它肿瘤一样，病因不详，可能与饮食因素、环境因素、遗传因素以及幽门螺杆菌感染有关。另外存在诸如慢性萎缩性胃炎、胃溃疡、胃息肉、胃粘膜上皮细胞化生及胃粘膜上皮异型增生等癌前变化。
贲门癌鉴别诊断即将贲门癌与其他相关疾病相鉴别，贲门癌鉴别诊断在其诊断和治疗中也扮演着重要的角色，这是因为贲门癌诊断时常会与一系列的类似疾病相混淆，导致延误病情，错过最佳治疗时间。目前，临床常将贲门癌与下列疾病进行区分：
1、反流性食管炎及Barrett食管
反流性食管炎及Barrett食管均是引起上皮增生、不典型增生及贲门癌的重要原因，常见于较肥胖体型的患者，常有多年的烧心、反酸病史，特别是进食高脂、高纤维素性食物时更明显，长期的胃食管反流可引起食管的消化性溃疡，导致出血、疼痛等症状，反复的溃疡复发、愈合可引起瘢痕形成，食管狭窄，出现吞咽困难、烧心缓解等症状。以上均与贲门癌的症状类似或重叠，最重要的鉴别手段就是内镜及病理检查，检查时，对较广泛的炎症及化生区域，应进行多点活检，对于溃疡区域要结合进行活检和细胞刷检，对高度可疑有恶变者，需反复迸行内镜检查，总之，对严重的胃食管反流病患者经常进行内镜检查是早期确诊贲门癌的关键。
2、食管鳞状细胞癌
本病多有较集中的高发区和高发人群，许多患者能感觉到吞咽不顺的位置，多位于颈部或胸骨后，很少位于上腹部者，患者很少有出现烧心者。但食管下段鳞状细胞癌和贲门癌鉴别的关键仍要靠内镜及病理检查，遇有此区域内分化较差以及未分化的癌瘤时，要结合特殊染色、免疫组织化学法以及电镜等手段进行分类。
3、食管静脉曲张
患者多有长期肝病病史，吞咽困难症状多较轻，一旦出现消化道出血，量多较大，X线表现为食管下段黏膜皱摺增粗、迂曲或呈串珠样充盈缺损，管壁柔软，管腔扩张度不受限。内镜下可见典型的黏膜下迂曲血管。
4、食管下段慢性炎症
食管下端慢性炎症常伴有裂孔疝及胃液反流等，患者体态一般多为矮胖型，可有长期烧心反酸史，炎症长期浸润，反复发作可引发瘢痕，狭窄出现吞咽困难，X线钡餐显示下段食管贲门狭窄粘膜不完整，食管镜检查可见炎症肉芽和瘢痕，肉眼观察时与癌症不易区分，反复做病理活检可区分。
5、贲门痉挛
贲门痉挛即贲门失弛缓症，其临床特点是多发生于年轻人，且病史较长、多伴有吞咽困难等症。X线食管造影检查贲门上方可见对称光滑的漏斗形狭窄及其近侧段食管高度扩张，一般经胃镜活检可诊断。
6、贲门部消化溃疡
患者常表现为上腹部不适，轻度食后饱胀感，消化不良或心窝部隐痛等症状，都易与贲门癌相混淆，且消化道溃疡出血与贲门癌出血难以鉴别，胃镜活检确诊率较高。
仔细鉴别贲门癌与相关类似疾病有利于贲门癌的早期诊断和早期对症治疗，同时对于取得满意的治疗效果也具有很大的现实意义。
